Po listopadu 1989 je obnoven JUNÁK a v něm vodní skauti. Z Flotily odcházejí lodivodi, kteří nesouhlasí s Junákem. Naopak se obnovuje přístav Maják, ale dochází k neshodám „starých“ s „mladými“. Proto okresní rada Junáka rozhodla vytvořit dva přístavy
10.PŘÍSTAV VODNÍCH SKAUTŮ MAJÁK LIBEREC
a
7.PŘÍSTAV VODNÍCH SKAUTŮ FLOTILA LIBEREC
(samozřejmě k 20.1.1990)
Kapitánem Majáku je Kápi, přístavným Racek, kapitánem Flotily Vezír, přístavným Sýsa. Maják má svůj první tábor v Rovínku na Slapské přehradě, Flotila expedici Livingstone (původně to měla být nisa) po odře z Bohumína do Glogowa.
Státní film s Flotilou na Orlíku (Kopřiviště) natáčí film Jak se koupe vydra, tábor je na Kopřivišti. Protože se očekává návštěva prezidenta, staví se 360 prezidentských schodů. Vlčata táboří na Fort Adamsonu v Jizerských horách.
Maják táboří také na Kopřivišti, ale na přehradě Les Království u Bílé Třemešné.
Maják na Lesu Království objevuje u Dolní Brusnice mlýn Sýkorník a buduje tam svůj tábor.
Flotila pořádá expedici Overijssel (kanály a grachty Holandska), vlčata na Holanských rybnících. Kapitánem se stává Milan Dejda – Molekula.
Žabičky Majáku a vlčata Flotily se dostávají do ústředního kola závodu vlčat a světlušek. Žabičky přímo vítězí.
Liberec se jako jedno z největších center vodního skautingu stává uznávaným v celé republice.
Kapitánem 10.přístavu vodních skautů Maják se stává Fanda Ščerbák. Tábor je na Sýkorníku, ale chlapci mají putovní po Labi.
Složitý systém stálých a putovních táborů jednotlivých oddílů Flotily spojuje na Orlíku hra Poklad draka Wong-Čchu.
Vlčata se zakopávají na Holanech.
Oba liberecké přístavy vysílají zabezpečovací jednotky PTP na sraz vodních skautů Navigamus 94, což je při účasti 800 skautů největší vodácká akce Junáka.
Tábory jsou v obou přístavech oddílové, programem a místem zcela samostatné. Vezír z Flotily a Pískovec z Majáku vedou tábor libereckých skautů v Holandsku s návštěvou Evropského Jaboree.
Kapitánem 7.přístavu vodních skautů Flotily se stává Pavel Langr – Šmudla.
Žabičky Majáku a vlčata Flotily opět září v ústředním kole svých závodů.
Při svých tradičních akcích (Maják Rytířské hry 24.4., mikulášská v Kristiánově, Flotila Boj o severní pól, jarní plavba, Kotorský závod a ples) dělají některé akce společně – Liberecké primátorky na Nise a hlavně společně připravují akce k 50.výročí vodních skautů v Liberci. Vedle táborů na našich řekách, přehradách a rybnících stojí za zmínku jachting Majáku na Jadranu a jachetní putování Flotily Baltem na Světové Jamboree v Holandsku.
20.ledna 1946 pět skautů založilo 1.vodní oddíl v Liberci.
20.ledna 1996 na dvě stovky vodních skautů, skautek, žabiček, vlčat, roverů, rangers a oldskautů registrovaných v jedenácti oddílech dvou přístavů vzpomíná na své předchůdce, kteří brázdí všechny vody na tomto i onom světě.
Flotila uskutečňuje sen vodáků z Liberce, kdy se vydává na expedici Nisa z Liberce k moři…